Bảo tàng có diện tích gần 600m², gồm một tầng trệt và 5 tầng lầu với 18 phòng trưng bày, lưu giữ hơn 3.000 hiện vật quý về y học cổ truyền. 
Điểm nhấn của công trình là kiến trúc gỗ truyền thống. Nổi bật với hệ thống cột, kèo, cầu thang, lan can cùng nhiều chi tiết nội thất bằng gỗ được chạm khắc tinh xảo, tạo ấn tượng với du khách.