Nằm ngay trước cổng vào chùa Cổ Lễ, tháp Cửu Phẩm Liên Hoa hiện lên sừng sững giữa nền trời. 
Được xây dựng vào năm 1927, tháp do Đức Sư Tổ Phạm Quang Tuyên thiết kế theo dạng "Phù đổ" - là loại kiến trúc nhiều tầng vươn cao dần lên không trung. 
Tháp cao 32m, cấu trúc theo kiểu "cửu phẩm liên hoa", nghĩa là do 9 tầng hoa sen liên kết mà tạo thành, mang ý nghĩa "cửu trùng" là chín tầng trời – hình ảnh đặc trưng trong đạo Phật.

Tháp được xây giữa hồ lớn, đặt trên chiếc mai rùa nổi giữa lòng hồ, xung quanh là 4 quả núi, 4 con voi tượng trưng cho tứ đại: đất, nước, gió, lửa và âm dưỡng ngũ hành. 

Quá trình để dựng được ngọn tháp bề thế trên hồ nước từ cách đây gần 100 năm đòi hỏi rất nhiều công sức, sự công phu và tỉ mỉ. Móng của tháp được gia cố bằng 50 cây gỗ lim lớn.

Tháp có tiết diện hình bát giác. Nền tháp dài 18m, rộng 10m. 
Phần mai rùa được cách điệu lượn cong thành 8 múi lớn, mỗi múi dài 4,65m. Bốn chân rùa vươn dài trụ vững xuống lòng hồ, đầu hướng vào trong chùa, đuôi hướng ra phía ngoài. Lòng tháp được tạo một trụ tròn, có 64 bậc ứng với 64 quẻ của Kinh Dịch vòng từ chân lên đỉnh tháp.
Bên cạnh đó, tháp còn được trang trí 6 cặp rồng bám dọc theo chiều dài thân tháp, làm tăng thêm sự bề thế, tỉ mỉ.
Tháp Cửu Phẩm Liên Hoa Cửu Phẩm Liên Hoa là ngọn tháp có kiến trúc độc đáo và là biểu tượng, điểm nhấn trong tổng thể kiến trúc chùa Cổ Lễ cũng như phổ hệ tháp thời Nguyễn ở Việt Nam.