Theo Đại học FPT, tổng chỉ tiêu tuyển sinh Thạc sỹ ngành Kỹ thuật phần mềm năm đầu tiên của trường là 30 chỉ tiêu.

Đối tượng tuyển sinh của chương trình là những người đang học tập và làm việc trong lĩnh vực công nghệ phần mềm, đã tốt nghiệp Đại học ngành Kỹ thuật phần mềm hoặc ngành gần với Kỹ thuật phần mềm (như Khoa học máy tính, Điện tử viễn thông, Truyền thông và mạng máy tính, Kỹ thuật phần mềm, Hệ thống thông tin và CNTT). Cử nhân các ngành khác cần học thêm một số kiến thức bổ sung, chuyển tiếp trong chương trình Kỹ thuật phần mềm bậc đại học của Đại học FPT để đủ điều kiện theo học chương trình MSE tại trường.

Riêng về ngoại ngữ, chương trình MSE yêu cầu trình độ tiếng Anh đầu vào của học viên phải đạt tối thiểu B1 hoặc tương đương (IELTS, TOEFL, TOEIC...), hoặc trực tiếp tham gia khóa tiếng Anh đầu vào của trường. Những học viên đã có kinh nghiệm làm việc đặc biệt trong lĩnh vực quản trị dự án phần mềm là đối tượng ưu tiên của chương trình MSE tại Đại học FPT. Lớp học sẽ được bố trí tập trung vào hai ngày thứ 7 và Chủ nhật.

Để trở thành thành viên chính thức của chương trình MSE, học viên phải vượt qua kỳ thi tuyển với các nội dung thi theo tiêu chuẩn ACM của Mỹ. Trong đó, môn cơ bản gồm Toán và Cơ sở máy tính (kiến thức cơ bản về Toán học rời rạc, Xác suất và thống kê, Lập trình căn bản, Cấu trúc dữ liệu và giải thuật, Kiến trúc máy tính, Hệ điều hành và mạng); môn cơ sở gồm kiến thức cơ bản về Thiết kế và xây dựng mô-đun, Yêu cầu phần mềm, Thiết kế phần mềm, Xây dựng phần mềm, Kiểm định phần mềm, Bảo trì phần mềm, Quản trị kỹ thuật phần mềm, Quy trình kỹ thuật phần mềm, Chất lượng phần mềm. Riêng sinh viên Đại học FPT tốt nghiệp loại giỏi trở lên được miễn kỳ thi đầu vào.

Học phí cho toàn bộ chương trình là 88 triệu đồng, chia đều làm 4 lần đóng trước mỗi kỳ học. Đặc biệt, học viên tham dự chương trình trong thời gian tuyển sinh khóa đầu tiên, từ tháng 12/2013 đến tháng 3/2014, sẽ được giảm 30% học phí khi đăng kí hồ sơ (không áp dụng đồng thời các chương trình ưu đãi khác).

Cũng theo Đại học FPT, triển khai chương trình này, trường căn cứ trên nhu cầu ngày càng tăng của thị trường phần mềm trong và ngoài nước đối với nguồn nhân lực chất lượng cao, đặc biệt trong vai trò lãnh đạo, quản lý các dự án phần mềm lớn mang tính quốc tế. Theo đó, chương trình MSE của Đại học FPT không chỉ gồm những kiến thức mang tính hàn lâm mà còn hướng tới đào tạo các nhà quản trị dự án phần mềm, chuyên gia khai thác dữ liệu đáp ứng được những tiêu chuẩn chất lượng quốc tế, có khả năng ứng dụng các nền tảng phát triển phần mềm, công nghệ và phương pháp luận hiện đại.

Trong tổng cộng 2 năm của chương trình MSE, học viên sẽ trải qua 18 tháng học và 6 tháng làm luận văn tốt nghiệp. Bên cạnh việc thực tập theo hình thức trợ giảng tại trường, học viên của chương trình MSE còn có cơ hội được đi thực tập tại nước ngoài theo các dự án và mạng lưới đối tác của FPT Software thuộc nhiều nước trên thế giới (Nhật, Mỹ, Singapore…).