Với mục tiêu cung cấp nguồn nhân lực có trình độ cao về chuyên ngành An toàn thông tin tin đáp ứng được các yêu cầu ngày càng cao về bảo mật, đảm bảo thông tin An ninh - Quốc phòng, Kinh tế - Xã hội của đất nước, năm 2013, Học viện Kỹ thuật mật mã đã được Bộ Giáo dục và Đào tạo cho phép tổ chức đào tạo để cấp bằng Thạc sĩ chuyên ngành An toàn thông tin - ngành Công nghệ thông tin. Đến nay, Học viện đã đào tạo được 02 khóa học thạc sĩ chuyên ngành An toàn thông tin trong đó 01 khóa chuẩn bị tốt nghiệp.

Năm 2016, Học viện tuyển sinh hơn 50 chỉ tiêu cho chuyên ngành này. Đối tượng thi tuyển sinh gồm 3 đối tượng; Đối tượng 1 tốt nghiệp Đại học chuyên ngành An toàn Thông tin, Kỹ thuật mật mã; Đối tượng 2 tốt nghiệp Đại học ngành Công nghệ thông tin, Cử nhân Sư phạm tin học, Cử nhân/Kỹ sư Tin học, Cử nhân Toán - Tin ứng dụng; Đối tượng 3 tốt nghiệp Đại học ngành Công nghệ thông tin, Cử nhân Sư phạm tin học, Cử nhân/Kỹ sư Tin học, Cử nhân Toán - Tin ứng dụng.

Môn thi tuyển gồm 3 môn: Toán cao cấp; Cấu trúc dữ liệu và giải thuật; Tiếng Anh trình độ A2. Thời gian phát hành hồ sơ từ ngày 21/3/2016 đến 10/5/2016. Thời gian tiếp nhận hồ sơ từ ngày 10/5/2016 đến 30/5/2016. Thời gian thi tuyển tháng 8/2016 và nhập học vào tháng 10/2016. Chi tiết liên hệ website: sdh.actvn.edu.vn.