Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc quyết định cảnh cáo, đối với ông Vũ Văn Ninh, nguyên Phó thủ tướng nhiệm kỳ 2011 - 2016, do có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng, trong công tác và trước đó đã bị Bộ Chính trị kỷ luật về Đảng.

Tháng 7 năm 2019, Bộ Chính trị cảnh cáo ông Ninh, yêu cầu cấp có thẩm quyền kỷ luật hành chính, tương ứng với kỷ luật về Đảng. 

Theo kết luận của Bộ Chính trị, trong thời gian là Ủy viên Trung ương Đảng, Ủy viên Ban cán sự Đảng Chính phủ, Phó thủ tướng phụ trách đổi mới doanh nghiệp, từ tháng 8 năm 2011 đến tháng 4 năm 2016, ông Ninh ký các văn bản trái với kết luận của Bộ Chính trị như: Đồng ý cho giảm và thoái toàn bộ vốn nhà nước, tại Công ty cổ phần cảng Quy Nhơn; bán vốn nhà nước tại Công ty cổ phần cảng Quảng Ninh; đồng ý chủ trương để ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa, sau khi nhận chuyển giao Công ty cổ phần cảng Nha Trang, tiếp tục được thoái vốn nhà nước theo hướng không nắm giữ cổ phần chi phố; đồng ý chủ trương cổ phần hóa 10 đoạn quản lý đường thủy nội địa, (đơn vị sự nghiệp kinh tế chưa được quy định cổ phần hóa).

Với cương vị Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Ban cán sự Đảng, Bộ trưởng Tài chính, kiêm Chủ tịch Hội đồng quản lý Bảo hiểm xã hội Việt Nam, giai đoạn từ tháng 7 năm 2006 đến năm 2011, ông Vũ Văn Ninh đã thiếu trách nhiệm lãnh đạo, kiểm tra, vi phạm Luật Bảo hiểm xã hội, và Nghị định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Bảo hiểm xã hội Việt Nam.