Không có cách chuẩn hóa nào để đặt tên cho virus. Trước đây, khi virus chủ yếu được phát tán qua chuyển tiếp email, tên của chúng thường được đặt theo tên của tập tin đính kèm email có chứa mã độc. Ví dụ, ILOVEYOU là một trong những virus đáng sợ nhất lịch sử. ILOVEYOU lây lan như vũ bão do tiêu đề email và tên tập tin đính kèm (Love-letter-for-you.txt) nghe có vẻ vô hại và gợi trí tò mò.

Koobface và Vundo lại được đặt tên theo phương pháp kẻ xấu lợi dụng để phát tán chúng. Koobface là một phép đảo chữ của từ “Facebook”, vì sâu máy tính này lan truyền qua mạng xã hội. Vundo là sự kết hợp giữa hai từ Virtual (từ tiếng Anh có nghĩa “ảo”) và Mundo (có nghĩa “thế giới” trong tiếng Tây Ban Nha). Vundo lây lan qua các cộng đồng ảo.

Ngoài ra, còn có những lỗ hổng bảo mật như Heartbleed. Heartbleed (tạm dịch: trái tim rỉ máu), là lỗ hổng ảnh hưởng đến giao thức bảo mật OpenSSL, nó “lừa” máy chủ chiết xuất dữ liệu từ bộ nhớ, cho phép tin tặc khai thác thông tin nhạy cảm như số thẻ tín dụng hay mật khẩu. Ossi Herrala, một quản trị viên hệ thống của Codenomicon (công ty phát hiện ra lỗ hổng này) là người nghĩ ra tên Heartbleed. Ông Herrala “cho rằng tên Heartbleed là phù hợp vì nó đang làm “chảy máu” những thông tin quan trọng từ bộ nhớ”. Heartbleed, với hình ảnh minh họa là một trái tim rỉ máu, đã thu hút rất nhiều sự chú ý, khiến hàng ngàn các website bị ảnh hướng phải nhanh chóng xây dựng các bản vá lỗi, và rất nhiều người dùng Internet ngay lập tức thay đổi mật khẩu.

Ngoài ra, một số virus máy tính có tên xuất phát từ những câu chuyện rất thú vị. Ví dụ, Melissa, một trong những virus lây lan nhanh nhất từ trước tới nay, được đặt tên theo một vũ nữ thoát y mà nhà lập trình David Smith gặp ở Florida, Mỹ. Sâu máy tính Michelangelo được lập trình để được kích hoạt vào đúng ngày 6/3, sinh nhật của họa sĩ MichelAngelo Buonarroti.

Một số loại virus được đặt tên theo những nhân vật nổi tiếng mà kẻ xấu lừa người dùng rằng nếu nhấn vào một đường link, họ sẽ được xem bức hình khỏa thân của người nổi tiếng đó.

Một số loại virus có tên được đặt theo tên của người lập trình. Ví dụ, virus CIH có tên là các ký tự đầu tiên trong tên tác giả Chen Ing Hau. Lập trình viên Samy Kumar lấy chính tên của ông ta để đặt cho sâu máy tính Samy.