Dù được bổ sung hàng loạt tính năng mới khá hữu ích, hệ điều hànhiOS 9 của Apple cũng mang lại không ít rắc rối cho người dùng. Điểm trừ lớn nhất có lẽ là việc bản iOS mới ra mắt này đang khiến cho nhiều iPhone đời cũ bị suy giảm hiệu năng - theo như một số video mà kênh YouTube iAppleBytesmới đăng tải gần đây. 

iAppleBytes đã thực hiện một số bài test để so hiệu năng giữa iOS 9.0.1 và iOS 8.4.1, và kết quả cho thấy một số iPhone đời cũ chạy chậm hơn sau khi nâng cấp: người dùng mất nhiều thời thời gian hơn để mở ứng dụng; thời gian chuyển đổi qua lại giữa các ứng dụng cũng lâu hơn...

Một số video so sánh hiệu năng iOS 9 với iOS 8.4.1 của iAppleBytes: 

  

Trong diễn đàn hỗ trợ của Apple, một số người dùng cũng phàn nàn iOS 9 làm chậm máy, ngay cả với những model mới nhưiPhone 6, hay model cũ như iPhone 5C. Trong khi đó, trang công nghệ 9to5Mac đã mở một cuộc điều tralấy ý kiến người dùng về hiệu năng iOS 9. Kết quả là trong số 27.725 người bỏ phiếu có 36% số người nói rằng iPhone của họ chậm đi đáng kể, còn 31% nói rằng máy của họ chạy chậm hơn một chút sau khi update. Nhiều khả năng các máy iPhone đời cũ bị ảnh hưởng bởi một số tính năng mới trên iOS 9 yêu cầu phần cứng mạnh hơn. Những tính năng này cũng có thể là nguyên nhân khiến máy tốn pin hơn. Trên thực tế, một số người dùng đã thử tắt tính năng gợi ý của trợ lý ảo Siri và cho biết tốc độ  của máy đã được cải thiện hơn một chút. 

Nhìn chung, tốc độ iOS 9 vẫn đang là một đề tài thảo luận với nhiều ý kiến trái ngược nhau - tùy vào trải nghiệm của riêng từng người dùng. Một khách hàng sử dụng iPhone phàn nàn trên diễn đàn của Apple rằng "Ngay sau khi nâng cấp iPhone 6 Plus lên iOS 9 tôi nhận thấy máy rất lag và chậm. Tôi đã khởi động lại máy nhiều lần và tình hình có vẻ được cải thiện mặc dù không thể được như iOS 8". Tuy nhiên, một người dùng khác lại nêu ý kiến trái ngược: "Chiếc iPhone 6 của tôi chẳng thấy lag tí nào. Mọi thứ hoạt động ổn ngoại trừ một số bug lỗi ban đầu. Tuy nhiên, các lỗi này về sau cũng đã tự mất".

Trong video thử nghiệm của iAppleBytes, một điểm cộng cho iOS 9 là trợ lý ảo Siri cho tốc độ phản hồi nhanh hơn so với trước. 

Hiệu năng có thể phụ thuộc vào tính năng bạn sử dụng cũng như các tiến trình chạy ngầm trên máy. Apple vẫn đang tiếp tục thu thập dữ liệu từ người dùng để tối ưu cho iOS 9. Mới đây nhất, hãng vừa phát hành bản cập nhậtiOS 9.0.1 nhằm sửa một số lỗi khó chịu của iOS 9 trước đó. Tuy nhiên, một thực tế khó tránh khỏi đó là người dùng iPhone đời cũ sẽ phải quen với việc máy của mình hơi lag so với trước đây khi mà các tính năng trên hệ điều hành mới yêu cầu phần cứng (chip xử lý, RAM...) cao hơn so với trước.