Ở trận Nam Định - TP.HCM tại vòng 3 Night Wolf V-League 2023/2024, Hồng Duy được rút ra sân ở phút 75, khi tỷ số đang là 2-1 nghiêng về chủ nhà. Sau khi rời sân, cầu thủ này tỏ thái độ không hài lòng và từ chối bắt tay với HLV Vũ Hồng Việt.
Sau trận đấu, Hồng Duy nhận mưa chỉ trích từ các CĐV. Người hâm mộ Nam Định cho rằng hành động của Hồng Duy không đúng mực, khó có thể chấp nhận.
Trên trang cá nhân, Hồng Duy thừa nhận mình có hành động không đẹp và anh muốn được gửi lời xin lỗi. Hậu vệ trái người Bình Phước viết: "Trước tiên, Duy nhận mình sai và muốn nói lời xin lỗi về thái độ không chuyên nghiệp và bất cần trong phút chốc của mình với HLV, BHL...
Thật ra tình huống là sự bộc phát của cảm xúc thiếu kiểm soát vì niềm say mê trong nghề, vì khát khao được cống hiến, và một phần Duy cũng muốn thi đấu tận hiến trong khát vọng của bản thân dành cho CLB mình đang khoác trên vai màu áo. Duy đang trong nỗ lực để chứng minh giá trị của bản thân được trở lại khoác áo đội tuyển quốc gia".
Hồng Duy cho biết anh rút ra bài học và cố gắng hoàn thiện bản thân để không lặp lại sai lầm: "Bóng đá là môn tập thể, nên Duy cũng chưa bao giờ đặt cá nhân mình lên trên tập thể. Sau sự việc này, bản thân Duy đã tự răn đe, chấn chỉnh vì Duy hiểu thái đội quan trọng hơn cả trình độ.
Duy rất mong người hâm mộ cảm thông chia sẻ cùng Duy khó khăn, áp lực vì Duy cũng là một con người nhỏ bé giữa sân bóng, giữa cuộc đời. Không ai hoàn hảo nhưng ai cũng cần phải hoàn thiện. Duy là người cầu thị và rất mong người hâm mộ vẫn luôn ủng hộ Duy và đội bóng".
Hồng Duy đầu quân cho Nam Định từ đầu mùa giải 2023. Cựu cầu thủ HAGL chơi ổn định và thường xuyên được đá chính ở đội bóng thành Nam.