9 ngôi chùa hình thành từ những miếu, am thờ hay những tượng phật nhỏ của ngư dân Việt Nam dựng lên tại quần đảo Trường Sa từ xa xưa không chỉ là nơi sinh hoạt tôn giáo, tín ngưỡng mà còn là những cột mốc chủ quyền trên biển của Tổ Quốc.
Từ xa xưa, trên quần đảo Trường Sa, những ngư dân Việt đi đánh cá đã dựng lên những ngôi miếu, am thờ, hay những bức tượng Phật nhỏ để cầu trời, phật phù hộ cho những chuyến đi biển được bình yên. Trên cơ sở đó, hiện nay 9 ngôi chùa đã được trùng tu, phục dựng ở các đảo: Song Tử Tây, Nam Yết, Sơn Ca, Phan Vinh, Sinh Tồn, Sinh Tồn Đông, Đá Tây A, Trường Sa Đông và Trường Sa.
Chùa được xây dựng trên một số đảo ở quần đảo Trường Sa cũng giống như chùa xây dựng trên đất liền, kiến trúc bằng gỗ kết hợp với gạch ngói là chủ đạo, mỗi ngôi chùa trên đảo đều có sư trụ trì.
Điểm chung của các chùa trên quần đảo Trường Sa là chính điện đều hướng ra biển Đông, nhìn về thủ đô Hà Nội, có kiến trúc đậm nét truyền thống Việt, với số gian lẻ (thường là một gian, hai chái hoặc ba gian, hai chái), với hệ mái cong, sử dụng nhiều loại gỗ quý,… các ngôi chùa trên đảo đều có hoành phi, câu đối sơn son thếp vàng, viết bằng chữ quốc ngữ. Ngoài chức năng thờ Phật, trong khuôn viên các chùa đều có ban thờ anh hùng liệt sĩ, những người đã hy sinh anh dũng để bảo vệ chủ quyền biển đảo thiêng liêng của Tổ quốc…
Những ngôi chùa ở quần đảo Trường Sa được trùng tu, tôn tạo như những cột mốc văn hóa, tâm linh góp phần khẳng định chủ quyền biển đảo thiêng liêng của Tổ quốc.