Trong Avengers Alliance, người chơi sẽ chiến đấu với các nhân vật phản diện, chiêu mộ thêm các anh hùng trong series truyện của Marvel về với đội đặc biệt có nhiệm vụ mang lại hòa bình trở lại cho thành phố New York.
Với những nội dung vẫn được giữ nguyên khá nhiều từ phiên bản trên Facebook, các anh hùng của chúng ta sẽ cùng với người chơi tham gia vào các nhiệm vụ chiến đấu chống lại những thế lực xấu xa, những tên tội phạm trong thành phố New York. Những tên boss và đám tay sai của chúng đang phá phách và đảo lộn trật tự tại nhiều nơi trong thành phố, sẽ có những tín hiệu báo động được phát đi từ những khu vực khác nhau trong thành phố và người chơi sẽ lần lượt nghe theo sự điều phối của trung tâm để đến giải quyết rắc rối ở từng khu vực.