Từ tháng 4/2020-1/2022, Cục Lãnh sự Bộ Ngoại giao đã tập hợp, đề xuất lãnh đạo Chính phủ phê duyệt tổ chức thực hiện 772 chuyến bay đưa công dân từ nước ngoài về nước, bao gồm 400 "chuyến bay giải cứu" và 372 chuyến bay combo.

Kết luận điều tra chỉ ra rằng, quá trình thực hiện nhiệm vụ đối với việc cấp phép các chuyến bay công dân tự trả phí, những cá nhân có nhiệm vụ, quyền hạn trong nước đã tạo thành nhóm lợi ích và đưa ra nhiều yêu cầu, gây khó khăn, nhũng nhiễu cho các doanh nghiệp đề xuất thực hiện cấp phép chuyến bay, buộc doanh nghiệp phải chi tiền để được giải quyết.

Cụ thể, các cá nhân có thẩm quyền thuộc Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao đã không minh bạch về quy trình tiếp nhận hồ sơ của doanh nghiệp xin cấp phép chuyến bay, buộc họ phải tìm cách tiếp xúc, gặp gỡ và thỏa thuận về chi phí đưa hối lộ cho những cá nhân được giao nhiệm vụ tập hợp đề xuất cấp phép chuyến bay.

Đối với các doanh nghiệp chưa tiếp xúc, thỏa thuận đưa hối lộ, các bị can sẽ gây khó dễ dưới nhiều hình thức như: 

Dù lãnh đạo Chính phủ đồng ý chủ trương cấp phép chuyến bay cho các doanh nghiệp nhưng bị can không sắp xếp cho doanh nghiệp thực hiện chuyến đầu tiên, những lần tiếp theo phải chờ ý kiến bằng văn bản của Cục Lãnh sự.

Thường xuyên thông báo ngày bay sát với ngày doanh nghiệp nhận được thông báo hoặc thay đổi kế hoạch bay, thay đổi số công dân trên chuyến bay, làm cho doanh nghiệp không thể thực hiện được ngay mà phải xin gặp chi tiền cho các cá nhân trong nhóm này để xin được lùi chuyến bay mới có thời gian bán vé máy bay và tổ chức chuyến bay.

CQĐT xác định, đã có chuyện tự ý ra văn bản yêu cầu doanh nghiệp dừng triển khai chuyến bay trong khi doanh nghiệp đã bán hết vé máy bay cho khách và thuê tàu bay để đưa công dân về Việt Nam, buộc doanh nghiệp tiếp xúc, gặp gỡ và đưa tiền hối lộ để xin được tiếp tục triển khai chuyến bay.

Kết luận điều tra còn chỉ ra rằng, ở cơ quan đại điện ngoại giao Việt Nam tại Nhật Bản và Angola, khi được doanh nghiệp đặt vấn đề nhờ hỗ trợ theo chức trách, nhiệm vụ để tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam trên địa bàn phụ trách về nước, Đại sứ và Tổng lãnh sự của hai cơ quan trên đồng ý.

Tuy nhiên, việc đồng ý đi kèm với điều kiện, doanh nghiệp sau khi thực hiện thành công các chuyến bay phải chia phần lợi nhuận thu được hoặc thỏa thuận với doanh nghiệp chia tiền “bồi dưỡng” trên số lượng công dân được về trên các chuyến bay.

Theo CQĐT, Đại sứ quán Việt Nam tại Nhật Bản không có chức năng tổ chức chuyến bay combo nhưng Đại sứ đã ký công điện xin tổ chức, giao cho doanh nghiệp thực hiện và nhận tiền của doanh nghiệp.

Tại Malaysia, khi tổ chức các chuyến bay giải cứu đưa công dân Việt Nam là những tù nhân mãn hạn tù ở nước sở tại về nước, lãnh đạo và cán bộ tại Đại sứ quán đã thống nhất thu tăng tiền của công dân, sau đó sử dụng một phần chia nhau.

Tại Liên bang Nga, Bí thư Thứ nhất Đại sứ quán Việt Nam tại Nga làm công tác hợp tác giáo dục giữa Việt Nam - Liên bang Nga, phụ trách việc phối hợp với Bộ GD&ĐT trong nước để đưa học sinh, sinh viên Việt Nam ở Nga về nước trong đại dịch. 

Thế nhưng người này đã thỏa thuận, nhận tiền của đối tượng môi giới mới đưa các học sinh, sinh viên Việt Nam vào danh sách trên các chuyến bay về nước.

Theo kết luận điều tra, ông Nguyễn Quang Linh, nguyên Trợ lý Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ đã nhận hối lộ hơn 4,2 tỷ đồng.

Ông Nguyễn Thanh Hải, nguyên Vụ trưởng và Nguyễn Tiến Thân, nguyên Chuyên viên Vụ Quan hệ Quốc tế VPCP đã nhận hối lộ hơn 3,6 tỷ đồng. Trong đó ông Hải nhận hơn 2,3 tỷ đồng; ông Thân nhận hơn 1,3 tỷ đồng.

Hai cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Tô Anh Dũng và Vũ Hồng Nam nhận hối lộ lần lượt số tiền 21,5 tỷ đồng và hơn 1,8 tỷ đồng. 

Bà Nguyễn Thị Hương Lan, nguyên Cục trưởng Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao đã nhận hối lộ hơn 25 tỷ đồng; bị can Đỗ Hoàng Tùng, nguyên Phó Cục trưởng Cục Lãnh sự Bộ Ngoại giao nhận hối lộ hơn 12 tỷ đồng. 

Liên quan đến vụ án, ông Phạm Trung Kiên, nguyên cán bộ, Thư ký của Thứ trưởng Bộ Y tế Đỗ Xuân Tuyên đã có hành vi nhận hối lộ số tiền hơn 42,6 tỷ đồng; ông Chử Xuân Dũng, cựu Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội nhận hối lộ hơn 2 tỷ đồng và ông Trần Văn Tân, nguyên Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam nhận hối 5 tỷ đồng tiền hối lộ.