Họ gồm: bị cáo Lương Văn Hóa (cựu Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dược Cửu Long), Nguyễn Văn Thanh Hải (cựu Kế toán trưởng) và Nguyễn Nam Liên (cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế, Phó Trưởng ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế).
Ngoài ra, Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long và một số bên có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan cũng có đơn kháng cáo về phần dân sự.
Trước đó, TAND TP Hà Nội đã xử phạt bị cáo Lương Văn Hóa 9 năm tù, Nguyễn Văn Thanh Hải 6 năm tù về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Bị cáo Nguyễn Nam Liên nhận 24 tháng tù về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiệm trọng.
Trong vụ án này, cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang bị tuyên phạt 30 tháng tù treo vì tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng
Về phần dân sự, bản án sơ thẩm buộc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long phải bồi thường cho Bộ Y tế số tiền hơn 58 tỷ đồng.
Theo đánh giá của HĐXX, trong vụ án này, các bị cáo là cựu cán bộ Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long đã không báo cáo Bộ Y tế về số tiền hơn 3,8 triệu USD được giảm giá mà hạch toán trái pháp luật, che giấu số tiền phải trả lại cho Bộ Y tế. Đây là vụ lợi tập thể, các bị cáo có lỗi trực tiếp gây thiệt hại.
Việc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long dùng tiền vào nhiều mục đích khác nhau (như chia cổ tức cho các cổ đông…), số tiền trên đã hòa vào hoạt động chung của công ty nhằm phục vụ sản xuất kinh doanh từ đó đến nay.
Bản án sơ thẩm cho rằng, theo quy định của pháp luật, thiệt hại của pháp nhân gây ra thì pháp nhân phải bồi thường trước, sau đó pháp nhân có thể yêu cầu cá nhân gây thiệt hại phải hoàn trả số tiền trên cho Bộ Y tế.
Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long cũng có quyền yêu cầu các bị cáo, cá nhân liên quan hoàn trả lại tiền, nếu có tranh chấp, yêu cầu giải quyết trong vụ án dân sự khác.