Theo cáo buộc, khoảng tháng 4/2014, Chủ tịch AIC Nguyễn Thị Thanh Nhàn làm quen với ông Dương Hoa Xô, Giám đốc Trung tâm Công nghệ sinh học (CNSH) TP.HCM. Khi đó, bà Nhàn đặt vấn đề và được ông Xô đồng ý để Công ty AIC tham gia thực hiện dự án mua sắm thiết bị 12 phòng thí nghiệm tại trung tâm.
Sau khi dự án và kế hoạch lựa chọn nhà thầu được phê duyệt, năm 2015, bà Nhàn chỉ đạo ông Trần Mạnh Hà (Phó TGĐ AIC) và Trần Đăng Tấn (Trưởng văn phòng AIC tại TP.HCM) đến gặp, bàn bạc, thống nhất với ông Dương Hoa Xô cho Công ty AIC được xây dựng lại danh mục thiết bị để đảm bảo AIC được lợi nhuận tương đương khoảng 40% giá trị mỗi gói thầu.
Thời điểm đó, ông Nguyễn Xuân Vũ (Chủ tịch HĐQT Công ty CP công nghệ cao Gene Việt - Công ty Gene Việt) thông qua mối quan hệ cá nhân đã đến gặp, trao đổi với bà Nhàn xin được làm nhà thầu phụ tại một số gói thầu của dự án.
Gật đầu đồng ý, Chủ tịch AIC đưa ra điều kiện rằng: Công ty AIC thực hiện việc ngoại giao và chi phí; Công ty Gene Việt chịu trách nhiệm phần chuyên môn (mua hàng, bàn giao, lắp đặt, hướng dẫn vận hành, bảo hành bảo trì) và phải đảm bảo mức lợi nhuận cho AIC tương đương 40% giá trị mỗi gói thầu.
Bên cạnh đó, Gene Việt giới thiệu đơn vị tư vấn lập hồ sơ mời thầu (HSMT), đánh giá hồ sơ dự thầu (HSDT) để Liên danh Công ty AIC - Gene Việt đàm phán với các nhà cung cấp giảm giá so với giá bán đã thỏa thuận với Công ty AIC, lúc đó Công ty Gene Việt được hưởng phần giá giảm.
Do mới thành lập, chưa đủ năng lực để tham gia dự thầu nên các thành viên Công ty Gene Việt thống nhất sử dụng pháp nhân Công ty Việt Á (Công ty Việt Á có 10% vốn góp trong Công ty Gene Việt) đại diện đứng tên liên danh và thực hiện các hoạt động đấu thầu giai đoạn 1 của dự án với Công ty AIC.
Gây thiệt hại hơn 61 tỷ đồng
Sau khi Công ty Gene Việt được tham gia liên danh thực hiện 3 gói thầu số 2,3,4 giai đoạn 1 dự án, bà Nhàn chỉ đạo cấp dưới phối hợp với ông Dương Hoa Xô, Giám đốc và Nguyễn Đăng Quân, PGĐ Trung tâm CNSH; Phạm Hoàng Minh Ly, TGĐ Công ty Gene Việt; Phan Quốc Việt, TGĐ cùng Đồng Sỹ Huy, Võ Anh Triết, Phó TGĐ Công ty Việt Á lập, thống nhất cấu hình danh mục, thông số kỹ thuật để chủ đầu tư phê duyệt dự toán nâng giá thiết bị.
Việc này nhằm đảm bảo lợi nhuận cho Công ty AIC như thỏa thuận.
Trước khi phát hành hồ sơ mời thầu (HSMT), để đảm bảo cho Công ty AIC trúng thầu, ông Trần Mạnh Hà yêu cầu Công ty Gene Việt phải tìm công ty đứng tên thay 1 trong 3 gói thầu để tránh bị các công ty khác kiện tụng.
Khi đó Phan Quốc Việt đã chỉ đạo cấp dưới là Đồng Sỹ Huy liên hệ với ông Lê Hữu Lễ, Trưởng phòng kinh doanh và ông Bạch Quốc Chính, TGĐ Công ty Cổ phần y dược phẩm Vimedimex đứng tên thay gói thầu số 4, giai đoạn 2.
Cùng với đó, bị can Trần Mạnh Hà yêu cầu Công ty Gene Việt tìm đơn vị tư vấn lập HSMT, đánh giá hồ sơ dự thầu (HSDT), đảm bảo cho Liên danh Công ty AIC - Việt Á và Công ty Vimedimex trúng thầu, tránh bị hủy thầu.
Theo phân công của Công ty Gene Việt, Phan Quốc Việt đã chỉ đạo Đồng Sỹ Huy liên hệ với ông Trần Vinh Vũ, TGĐ Công ty CP tư vấn đầu tư và xây dựng Hồng Hà (Công ty Hồng Hà) để Trung tâm CNSH chỉ định làm đơn vị tư vấn lập HSMT, đánh giá HSDT.
Quá trình đấu thầu, Trần Mạnh Hà, Phan Quốc Việt, Đồng Sỹ Huy, Võ Anh Triết đã chỉ đạo nhân viên Công ty Việt Á, Công ty AIC thiết lập các công ty “quân xanh” thuộc nhóm Công ty Gene Việt, Công ty Việt Á, Công ty AIC mua HSMT và nộp HSDT để đảm bảo cho Liên danh AIC - Việt Á và Công ty Vimedimex trúng thầu 3 gói thầu 2,3,4 giai đoạn 1 của dự án.
Cáo buộc chỉ ra rằng, ông Võ Anh Triết, Phó TGĐ Công ty Việt Á đã liên hệ, đề nghị Công ty Hồng Hà do ông Trần Vinh Vũ là TGĐ làm đơn vị tư vấn lập HSMT và đánh giá HSDT các gói thầu giai đoạn 1 của dự án.
Khi đó, ông Vũ đã đồng ý để Trung tâm CNSH chỉ định thầu làm đơn vị tư vấn lập HSMT và đánh giá HSDT. Quá trình xây dựng HSMT, đánh giá HSDT, ông Vũ thành lập tổ tư vấn nhưng không ai tham gia lập HSMT các gói thầu 2,3,4 giai đoạn 1 của dự án.
Theo đề nghị của Võ Anh Triết và được sự đồng ý của Trung tâm CNSH, ông Vũ đưa vào HSMT các tiêu chí để tạo lợi thế cho Liên danh AIC - Việt Á và Công ty Vimedimex gồm: Các yêu cầu về giá trị hợp đồng tương tự; số lượng nhân sự cao hơn mức tối thiểu quy định; đồng thời mở rộng diện hợp đồng tương tự từ CNSH/Y dược thành Khoa công nghệ/Y dược.
Qua đó Liên danh AIC - Việt Á và Công ty Vimedimex đủ điều kiện dự thầu và trúng thầu.
Hành vi của ông Vũ bị xác định là không đảm bảo công bằng, minh bạch trong đấu thầu, tạo điều kiện cho Liên danh AIC - Việt Á và Công ty Vimedimex trúng 3 gói thầu 2,3,4 giai đoạn 1, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 61 tỷ đồng.