Cụ thể, trong công văn gửi Bộ trưởng Bộ GD-ĐT, Văn phòng Chính phủ nêu việc Đại biểu Quốc hội Lê Thanh Vân có phiếu chất vấn Phó Thủ tướng thường trực Phạm Bình Minh về Trường ĐH Tôn Đức Thắng. Về việc này, Phó Thủ tướng thường trực Phạm Bình Minh đã có văn bản trả lời nội dung chất vấn của đại biểu.
Phó Thủ tướng thường trực Phạm Bình Minh cũng chỉ đạo Bộ trưởng Bộ GD-ĐT trực tiếp gặp, trao đổi với đại biểu Lê Thanh Vân về những nội dung liên quan đến trách nhiệm quản lý nhà nước của Bộ GD-ĐT đối với Trường ĐH Tôn Đức Thắng mà đại biểu này quan tâm.
'Tự chủ đại học trên giấy tờ, nhưng trói buộc trên thực tế'
Bộ GD-ĐT: Vướng mắc tự chủ đại học do hiểu chưa đầy đủ
PGS.TS Nguyễn Thu Thủy, Vụ trưởng Vụ Giáo dục Đại học (Bộ GD-ĐT) cho rằng, những hạn chế khi thực hiện thí điểm tự chủ đại học theo Nghị quyết 77 là do cách hiểu chưa đầy đủ và chưa thống nhất.