Đoàn đàm phán Chính phủ có chức năng giúp Thủ tướng chỉ đạo các bộ, ngành, địa phương trong công tác đàm phán, ký kết, phối hợp phê chuẩn, phê duyệt và thực thi các điều ước quốc tế, thỏa thuận quốc tế về kinh tế và thương mại của Nhà nước và Chính phủ Việt Nam, bao gồm đa phương, song phương, khu vực và các cơ chế trong khuôn khổ hợp tác quốc tế khác.

Đoàn đàm phán có nhiệm vụ giúp Thủ tướng trong việc xây dựng các chủ trương, chiến lược, kế hoạch, phương án đàm phán tổng thể tham gia các điều ước quốc tế, thỏa thuận quốc tế về kinh tế và thương mại của Việt Nam; đề xuất mục tiêu, quan điểm và lộ trình đàm phán với các đối tác, nhóm đối tác theo các hình thức linh hoạt, phù hợp.

Đoàn đàm phán còn chủ trì, phối hợp các bộ, ngành trong việc chuẩn bị, tổ chức và triển khai hoạt động đàm phán các điều ước quốc tế, thỏa thuận quốc tế về kinh tế và thương mại; kiến nghị các cấp có thẩm quyền về việc xử lý các khó khăn, vướng mắc phát sinh trong quá trình đàm phán.

Bên cạnh đó, đoàn đàm phán có nhiệm vụ chủ trì, phối hợp các bộ, ngành trong việc tham gia các hoạt động thực hiện quyền, nghĩa vụ của Việt Nam với tư cách thành viên tại các cơ chế của các điều ước, thỏa thuận quốc tế về kinh tế và thương mại quốc tế (các cơ quan thường trực, ban thư ký, hội đồng, ủy ban hỗn hợp, ủy ban thực thi...); tham gia đàm phán mở rộng, nâng cấp các điều ước quốc tế, thỏa thuận quốc tế về kinh tế và thương mại quốc tế mà Việt Nam là thành viên (WTO, APEC, ASEM, ASEAN, các FTA song phương, đa phương...).

Theo quyết định, Bộ trưởng Công Thương làm Trưởng đoàn đàm phán Chính phủ.

Các Phó trưởng đoàn gồm: Một Thứ trưởng Công Thương làm Phó trưởng đoàn thường trực, giúp trưởng đoàn điều phối hoạt động chung của đoàn đàm phán.

Một Thứ trưởng Tài chính làm Phó trưởng đoàn, phụ trách các lĩnh vực trong phạm vi chức năng, nhiệm vụ của Bộ Tài chính, bao gồm: mở cửa thị trường của Việt Nam về thuế, hải quan, đầu tư, dịch vụ tài chính (bảo hiểm, chứng khoán), mua sắm chính phủ và các lĩnh vực khác, thay mặt trưởng đoàn khi được ủy quyền trong phạm vi lĩnh vực phụ trách.

Một Thứ trưởng Ngoại giao làm Phó trưởng đoàn, phụ trách công tác đối ngoại, vận động ngoại giao, quan hệ song phương, đa phương trong đàm phán kinh tế thương mại và các lĩnh vực khác theo yêu cầu về chức năng, nhiệm vụ, thay mặt trưởng đoàn khi được ủy quyền trong phạm vi lĩnh vực phụ trách.  

Ngoài ra, đoàn còn có các thành viên gồm lãnh đạo một số bộ, ngành.

Trong trường hợp cần thiết, theo đề nghị của Trưởng đoàn đàm phán Chính phủ, Thủ tướng xem xét, quyết định bổ sung thành viên là lãnh đạo các bộ, ngành, cơ quan liên quan khác.

Các nhóm đàm phán cấp kỹ thuật của Đoàn đàm phán Chính phủ được thành lập theo yêu cầu của từng hiệp định, thỏa thuận thương mại quốc tế và đại diện tham gia là các cán bộ công chức cấp kỹ thuật từ các bộ, ngành liên quan, có thể huy động các chuyên gia tư vấn trong trường hợp cần thiết.

Các bộ, ngành có trách nhiệm cử đại diện tham gia là những cán bộ có kinh nghiệm đàm phán, am hiểu sâu về chuyên môn của lĩnh vực phụ trách, nhằm bảo đảm chất lượng, hiệu quả và tính nhất quán trong quá trình đàm phán.

Trong trường hợp đặc biệt, Thủ tướng quyết định thành lập các đoàn đàm phán để xử lý các vấn đề chiến lược, khẩn cấp liên quan đến lợi ích quốc gia.