Theo cáo buộc, từ tháng 1/2021- 10/2021, ông Nguyễn Quang Linh, cựu trợ lý Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ được giao nhiệm vụ tham mưu, đề xuất và trình lãnh đạo Chính phủ phê duyệt chuyến bay.
Biết được vai trò của ông Linh, một số cá nhân đại diện doanh nghiệp đã tìm cách tiếp cận, đặt vấn đề nhờ ông Linh xem xét, giúp giải quyết các thủ tục liên quan đến cấp phép chuyến bay.
Ngày 8/12/2020, Công ty CP Du lịch Thương mại Lữ Hành Việt (Công ty Lữ Hành Việt) đã gửi hồ sơ đến Văn phòng Chính phủ xin tổ chức các chuyến bay combo đưa công dân Việt Nam từ nước ngoài về nước, nhưng không được các cơ quan chức năng cấp phép thực hiện chuyến bay.
Thông qua giới thiệu của ông Vũ Ngọc Quyền, Phó Vụ trưởng Vụ Thư ký Biên tập Văn phòng Chính phủ, cuối tháng 1/2021, Hoàng Anh Kiếm đã liên hệ, gặp ông Linh tại phòng làm việc của ông này ở Văn phòng Chính phủ để nhờ giúp đỡ, tác động, cấp phép cho Công ty Lữ Hành Việt được tổ chức chuyến bay.
Tuy nhiên, thời điểm đó, do Chính phủ đang thực hiện giãn cách xã hội, hoãn các chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước nên ông Linh đã trao đổi, khi nào có chủ trương nối lại các chuyến bay thì sẽ thông báo để Kiếm biết.
Đến giữa tháng 3/2021, khi Chính phủ có chủ trương nối lại các chuyến bay, ông Linh đã chủ động trao đổi với Kiếm sẽ giải quyết cho Công ty Lữ Hành Việt tổ chức 2 chuyến bay để đánh giá về năng lực của công ty, thỏa thuận mức 10.000 USD/ 1 chuyến bay và hướng dẫn Kiếm chuẩn bị hồ sơ.
Sau khi Kiếm nộp hồ sơ, ông Linh chuyển hồ sơ cho ông Nguyễn Tiến Thân, chuyên viên Vụ Quan hệ Quốc tế tham mưu, đề xuất lãnh đạo Chính phủ phê duyệt 2 chuyến bay cho Công ty Lữ Hành Việt.
Cuối tháng 3/2021, Kiếm tiếp tục gặp, đặt vấn đề và được ông Linh giúp Công ty Lữ Hành Việt được phê duyệt 16 chuyến bay.
Quá trình giúp Công ty Lữ Hành Việt được phê duyệt 18 chuyến bay trên, ông Linh đã nhận hối lộ của Kiếm 4 lần, lúc thì trên ô tô, khi thì tại nhà riêng của ông Linh hoặc gần Văn phòng Chính phủ.
Theo cáo buộc, số tiền ông Linh nhận hối lộ từ Kiếm là 180.000 USD, tương đương hơn 4,1 tỷ đồng.
Ngoài ra, đầu tháng 4/2021, ông Linh còn nhận 100 triệu đồng từ bà Nguyễn Mai Anh để ông Linh trình lãnh đạo Chính phủ phê duyệt nhanh 10 chuyến bay cho Công ty ATA và Công ty Investco của bà Nguyễn Thị Tường Vy.
Tổng cộng ông Nguyễn Quang Linh đã nhận hối lộ số tiền hơn 4,2 tỷ đồng.