Kết quả khảo cổ học,  thư tịch cổ đã phản ánh các ngôi chùa Phật ở Việt Nam có từ khoảng 2.000 năm cách ngày nay trong đó có các ngôi chùa Tứ Pháp và am ở khu vực Luy Lâu (Bắc Ninh) đánh dấu thời kỳ Phật giáo truyền vào Việt Nam đầu tiên từ Ấn Độ qua đường biển. 

Theo sự phát triển của xã hội, kiến trúc Phật giáo Việt Nam càng phát triển về số lượng và biến đổi. Việc cải tạo, mở rộng công năng công trình cũ hay xây dựng công trình tự viện mới hầu như theo chiều hướng phát triển bề thế, quy mô rộng lớn hơn, kèm theo những du nhập kiến trúc, trang trí, văn hóa nước ngoài...

Chùa Việt Nam thời kỳ từ thế kỷ IV đến thế kỷ IX, số lượng ngày càng tăng lên mạnh mẽ. Tuy nhiên, cũng không có tư liệu khảo cổ cho chùa thời này. Thời đại Đinh - Tiền Lê là thời đại Phật giáo bắt đầu hưng thịnh, dấu tích Phật giáo phát hiện nhiều ở kinh đô Hoa Lư và vùng kinh phủ Đại La (Hà Nội), với hàng chục cột kinh tràng Phật đỉnh tôn thắng Đà-la-ni thời Đinh được phát hiện. Thời Lý là thời kỳ Phật giáo toàn thịnh, do vậy những ngôi chùa đã có mặt ở mọi nơi, mọi địa hình của đất nước.

Tương truyền, chùa Một Cột được xây dựng từ thời Vua Lý Thái Tông,

Chùa thời Lý thường gồm một tòa điện chính kết hợp với nhiều kiến trúc khác quây quần xung quanh. Tổng thể các kiến trúc của chùa Lý thường được bố cục thành hai kiểu bình đồ: hướng tâm hoặc đăng đối trên một trục dài. Với kiến trúc chùa thời Trần, hiện nay, mỗi chùa tiêu biểu còn lại chỉ giữ được một số thành phần nhất định nào đó, nhưng tập hợp chắt lọc lại vẫn có thể hiểu được khá rõ kiến trúc cơ bản của chùa thời Trần.

Thời Lê sơ, vương triều lấy Nho giáo làm tư tưởng chính đã hạn chế sự phát triển của Phật giáo. Tuy nhiên theo thư tịch cổ và văn bia ở nhiều xã thôn tiếp tục có các chùa làng, nói lên sức sống của Phật giáo trong đời sống người dân Đại Việt. Đến thời Mạc, Phật giáo phục hồi với các kiến trúc phát triển nhiều ở khu vực nhà Mạc làm chủ. Kiến trúc chùa Mạc tuy chưa phát hiện được mặt bằng xác thực nhưng về hình thức có xu hướng theo chùa thời Trần.

Thời Lê trung hưng là thời kỳ Phật giáo Việt Nam phục hưng mạnh mẽ, nhiều ngôi chùa lớn nhất Việt Nam được xây dựng thời kỳ này, vẫn còn được bảo tồn đến ngày nay như chùa Bút Tháp, chùa Thầy, chùa Keo và các chùa Trúc Lâm (chùa Quỳnh Lâm, Vĩnh Nghiêm, Côn Sơn).

Di sản chùa Nguyễn có hàng nghìn và các chùa cổ trước đó còn lại được đều có dấu ấn chùa Nguyễn thế kỷ XIX - XX. Ở khu vực phía Bắc, các ngôi chùa Nguyễn lớn điển hình truyền thống còn lại rất đẹp như chùa Liên Phái, chùa Bà Đá, chùa Hòe Nhai, chùa Mía, chùa Vĩnh Nghiêm, chùa Côn Sơn, chùa Bổ Đà, chùa Cổ Lễ…

Theo Ban Văn hóa T.Ư, kết quả những chuyến khảo sát vừa qua cho thấy kiến trúc Phật giáo Việt Nam rất đa dạng, muôn hình vạn trạng, rất phong phú sinh động và rõ rệt mang đậm nét văn hóa bản địa. Ban Văn hóa đã đúc kết thành 7 mô hình đặc trưng cho các truyền thống hệ phái khác nhau.

Với Phật giáo Nam tông có hai mô hình, gồm Nam tông Kinh và Nam tông Khmer. Hai kiến trúc này thừa hưởng rõ rệt kiến trúc dân tộc Khmer, Campuchia và Ấn Độ. Kiến trúc Phật giáo Nam tông Khmer hiện có khoảng 462 cơ sở được hình thành khoảng trên 2.000 năm. Kiến trúc Phật giáo Nam tông Kinh, hiện có khoảng 106 cơ sở, được hình thành khoảng gần 90 năm (bắt đầu khoảng những năm 1938). Kiến trúc Phật giáo Nam tông Kinh tiếp thu từ kiến trúc Phật giáo Campuchia.

Phật giáo Bắc tông hiện nay có khoảng trên 17.000 tự viện trong 18.466 cơ sở tự viện của cả nước. Có 3 mô hình kiến trúc Phật giáo Bắc tông đặc trưng cho văn hóa 3 miền đất nước Bắc - Trung - Nam.

Hệ phái Khất sĩ do Tổ Minh Đăng Quang thành lập năm 1944, đến nay có 6 giáo đoàn, 3.500 vị Tăng Ni (khoảng hơn 1.000 Tăng, hơn 2.500 Ni) với hơn 500 ngôi tịnh xá. Kiến trúc Khất sĩ có hai hình thức kiến trúc cơ bản. Một là chính điện kiến trúc hình bát giác tượng trưng ý nghĩa Bát chánh đạo, trên có kiến trúc cổ lầu hình tứ giác biểu trưng cho Tứ thánh đế. Hai là tịnh thất chủ yếu là tứ trụ hình vuông, dạng nhà sàn cao hơn mặt đất khoảng 1m dành cho Tăng, Ni nhập thất tu tập.

Năm 2021, Ban đã tiến hành 3 chuyến khảo sát kiến trúc Phật giáo Việt Nam, khảo sát hơn 130 ngôi chùa ở 3 miền Bắc, Trung, Nam thuộc các hệ phái khác nhau. Từ đó đã bước đầu nhận diện khái quát đặc trưng kiến trúc Phật giáo Việt Nam cũng như những chiều hướng biến đổi trong bối cảnh mới. 

Nguyễn Thị Lê, Nguyễn Hồng Hạnh