5 hóa đơn, gần 12 tỷ đồng tiền phạt và truy thu

Ngày 1/11/2022, Cục trưởng Cục Thuế TP H. ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với Công ty CP S. do kê khai sai dẫn đến thiếu số thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) phải nộp.

Theo đó, Công ty CP S. bị phạt tổng cộng gần 5,7 tỷ đồng. Trong đó, số tiền phạt hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp để kê khai giảm số thuế TNDN phải nộp là hơn 5,6 tỷ đồng; phạt hành vi kê khai sai dẫn đến thiếu thuế TNDN hơn 5,9 triệu đồng.

Ngoài khoản phạt, Cục trưởng Cục Thuế còn truy thu hơn 5,9 tỷ đồng, gồm hơn 193,9 triệu đồng thuế GTGT và hơn 5,7 tỷ đồng thuế TNDN. Công ty còn phải nộp hơn 160 triệu đồng tiền chậm nộp thuế và bị giảm hơn 8,7 triệu đồng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau.

Nguồn gốc vụ việc là cuộc thanh tra thuế tại Công ty CP S. được thực hiện từ ngày 6/9/2022 đến 10/10/2022, theo quyết định thanh tra từ năm 2011 đến năm 2019.

Trong quá trình thanh tra, cơ quan thuế phát hiện Công ty CP S. kê khai thuế GTGT đầu vào và chi phí giá vốn từ 5 hóa đơn phát hành năm 2019 của Công ty TNHH T. và Công ty TNHH F., là những doanh nghiệp được xác định không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Công ty T. xuất 3 hóa đơn vào các ngày 2/7, 30/7 và 1/8/2019. Công ty F. xuất 2 hóa đơn vào ngày 19 và 20/11/2019.

W-phat thue doanh nghiep.jpg
Bị xử phạt và truy thu gần 12 tỷ đồng do cơ quan thuế cho rằng dùng 5 hóa đơn không hợp pháp, một doanh nghiệp đã khởi kiện cơ quan thuế. Ảnh minh họa: Nam Khánh

Theo cơ quan thuế, 5 hóa đơn này đã hết giá trị sử dụng nên việc Công ty S. sử dụng để kê khai thuế là hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp.

Trong khi đó, Công ty CP S. cho rằng, việc Cục trưởng Cục thuế TP H. điều chỉnh giảm chi phí giá vốn là không phù hợp với thực tế và quy định pháp luật. Theo công ty, toàn bộ chi phí liên quan đến 5 hóa đơn đều được thế chấp ngân hàng và tiền mua hàng được bên thứ ba là ngân hàng thanh toán trực tiếp cho người bán, qua đó công ty cho rằng giao dịch mua bán là có thật.

Theo công ty S., việc xử phạt đối với số thuế nêu trên là không đúng quy định. Hơn nữa, tại thời điểm thanh tra, đoàn thanh tra chưa cung cấp tài liệu chứng minh đây là đoàn thanh tra, có chức năng thanh tra công ty.

Do đó, Công ty S. nộp đơn khởi kiện ra tòa, đề nghị tòa án hủy toàn bộ quyết định của Cục trưởng Cục Thuế TP H. về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Tòa hai cấp hủy quyết định xử phạt hành chính về thuế

Tại cấp sơ thẩm, TAND TPHCM chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty CP S., hủy quyết định của Cục trưởng Cục Thuế TP H. về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Không đồng ý, Cục trưởng Cục Thuế TP H. kháng cáo toàn bộ bản án. Viện trưởng VKSND Cấp cao tại TPHCM cũng có kháng nghị, đề nghị bác toàn bộ yêu cầu khởi kiện của Công ty CP S.

Tại phiên phúc thẩm, Cục Thuế TP H. cho rằng, tại thời điểm thanh tra Công ty CP S., trong đoàn thanh tra không có ai là thanh tra viên, không ai giữ chức vụ quản lý và không ai có chứng chỉ bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra thuế. Toàn bộ công chức giữ ngạch thanh tra của Cục Thuế TP H. đã được chuyển ngạch kiểm tra viên, chuyên viên theo quy định của ngành. Do đó, tại thời điểm thanh tra, không thể có thanh tra viên và toàn bộ thành viên đoàn thanh tra đều mang ngạch kiểm tra viên.

Cục Thuế TP H. cũng cho rằng, qua kết quả dò tìm hóa đơn, cơ quan thuế phát hiện Công ty CP S. sử dụng 5 hóa đơn không hợp pháp. Theo cơ quan này, hai doanh nghiệp xuất hóa đơn không hoạt động tại địa chỉ đăng ký; tờ khai thuế thể hiện hàng hóa, dịch vụ mua vào, bán ra trong giai đoạn xuất hóa đơn cho Công ty S. bằng 0. Ngoài ra, theo tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân, cả hai doanh nghiệp chỉ có một cá nhân được kê khai.

Từ những dữ liệu trên, Cục Thuế TP H. cho rằng số hàng hóa thể hiện trên 5 hóa đơn có giá trị lớn là bất thường, hai doanh nghiệp không có hoạt động mua hàng nên không thể có hàng bán cho Công ty S. Vì vậy, cơ quan này cho rằng việc xử phạt Công ty S. là đúng quy định.

Đại diện VKS tại phiên tòa cũng đề nghị HĐXX chấp nhận kháng cáo và kháng nghị, sửa bản án sơ thẩm, bác yêu cầu khởi kiện.

Tuy nhiên, HĐXX phúc thẩm nhận định có đủ cơ sở xác định các thành viên đoàn thanh tra không phải thanh tra viên và chưa được đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra theo quy định.

Theo tòa, cấp sơ thẩm đã xem xét đầy đủ các quy định về tiêu chuẩn, điều kiện tiến hành thanh tra chuyên ngành. Việc cơ quan thuế cho rằng tại thời điểm thanh tra không thể bố trí thanh tra viên do thay đổi ngạch công chức không phải là căn cứ để thực hiện hoạt động thanh tra không đúng quy định.

HĐXX cho rằng không thể lấy lý do thiếu nhân lực để thực hiện những hoạt động mà pháp luật không cho phép.

Do đó, tòa xác định việc tiến hành thanh tra và lập biên bản thanh tra không đúng quy định. Biên bản thanh tra thuế không có giá trị pháp lý, kéo theo quyết định xử phạt vi phạm hành chính được ban hành trên cơ sở biên bản này cũng không đúng trình tự, thủ tục.

HĐXX đồng thời nhận định đoàn thanh tra chưa thực hiện đầy đủ việc xác minh, thu thập tài liệu, chứng cứ để chứng minh hành vi vi phạm của Công ty S. làm căn cứ cho quyết định xử phạt.

Đáng chú ý, tòa cho rằng, nếu có căn cứ xác định Công ty S. không có giao dịch thực tế, sử dụng hóa đơn trái pháp luật, kê khai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp và có dấu hiệu của hành vi trốn thuế thì đoàn thanh tra có trách nhiệm chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra theo quy định. Trong trường hợp đó, Cục trưởng Cục Thuế TP H. cũng không được ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính.

Do đó, HĐXX phúc thẩm không chấp nhận kháng cáo của Cục trưởng Cục Thuế TP H. và kháng nghị của Viện trưởng VKSND Cấp cao tại TPHCM, giữ nguyên bản án sơ thẩm.

Tòa tiếp tục chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty CP S. và hủy quyết định của Cục trưởng Cục Thuế TP H. về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với doanh nghiệp.

(Bài viết dựa trên Bản án số 132/2025/HC-PT ngày 4/9/2025 của TAND Tối cao tại TPHCM)