Quyết định số 78/2010/QĐ-TTg ra đời trong bối cảnh hệ thống khai báo hải quan còn thủ công, nhằm giảm thiểu thủ tục hành chính, đẩy nhanh thông quan hàng hóa. Tuy nhiên, theo Bộ Tài chính, chính sách này đã bộc lộ những bất cập trong thời đại thương mại điện tử bùng nổ.
Cụ thể, lượng hàng hóa giá trị nhỏ nhập khẩu qua đường chuyển phát nhanh tăng chóng mặt, ước tính khoảng 4-5 triệu đơn hàng mỗi ngày, chủ yếu từ Trung Quốc. Điều này gây khó khăn cho việc quản lý thuế, tiềm ẩn nguy cơ thất thu ngân sách.
Bộ Tài chính cho biết, hệ thống quản lý hải quan hiện nay đã được hiện đại hóa với việc triển khai hệ thống VASSCM và VNACCS/VCIS. Hơn 99% thủ tục hải quan được thực hiện bằng phương thức điện tử, góp phần đơn giản hóa thủ tục, giảm thời gian thông quan.
Ngoài ra, một số ý kiến cho rằng cùng một chủng loại hàng hóa nhưng hàng hóa sản xuất trong nước vẫn phải nộp thuế GTGT nên việc miễn thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu qua dịch vụ chuyển phát nhanh có giá trị nhỏ vô hình chung đã tạo sự chênh lệch giá dẫn đến sự cạnh tranh không công bằng với hàng hóa cùng chủng loại sản xuất trong nước (do phải nộp thuế GTGT), từ đó ảnh hưởng đến việc sản xuất, tiêu thụ hàng hóa trong nước…
Từ cơ sở pháp lý và thực tiễn nêu trên, để đảm bảo tính đồng bộ của chính sách thuế và thông lệ quốc tế đối với hàng hóa nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh có giá trị nhỏ, thực hiện đúng chủ trương, định hướng của Đảng, Nhà nước về bao quát toàn bộ các nguồn thu, mở rộng cơ sở thu, đồng thời đảm bảo thu đủ thuế, đảm bảo công bằng với sản xuất trong nước, khuyến khích tiêu dùng hàng sản xuất trong nước, Bộ Tài chính trình Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định bãi bỏ Quyết định số 78/2010/QĐ-TTg mà không chờ vào tiến độ ban hành Nghị định Thương mại điện tử.
Theo đó, từ ngày Quyết định bãi bỏ Quyết định số 78/2010/QĐ-TTg có hiệu lực sẽ không áp dụng chính sách miễn thuế GTGT đối với hàng có giá trị nhỏ qua đường chuyển phát nhanh để đồng bộ với Luật thuế GTGT, riêng chính sách miễn thuế nhập khẩu với hàng có giá trị nhỏ vẫn được thực hiện như hiện hành theo quy định tại Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và Nghị định quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật này.