Đầu năm 1976, Công ty Giống cây trồng phía Nam được thành lập. Đến 1978, Công ty Giống cây trồng phía Nam được hợp nhất trở thành Chi nhánh I (trực thuộc Công ty Giống cây trồng Trung Ương), rồi đổi thành Xí nghiệp Giống cây trồng I vào năm 1981. Đến năm 1989 Bộ Nông Nghiệp có quyết định chia tách và thành lập Công ty Giống cây trồng Trung Ương II, trực thuộc Bộ, và đến năm 1993 được đổi tên thành Công ty Giống cây trồng miền Nam. Năm 2002, thực hiện chủ trương của Nhà nước và được sự chấp thuận của Thủ tướng Chính phủ theo Quyết định số 213/QĐ-TTg ngày 25/3/2002, Công ty được chuyển thành Công ty Cổ phần Giống cây trồng miền Nam (SSC) là doanh nghiệp ngành giống cây trồng đầu tiên của Việt Nam tiến hành cổ phần hoá, nhà nước nắm giữ 20% vốn điều lệ (60 tỷ đồng). Đến tháng 03/2005, cổ phiếu của Công ty cổ phần Giống cây trồng miền Nam, mã chứng khoán là SSC, là doanh nghiệp đầu tiên của Ngành Giống cây trồng Việt Nam đã được chính thức niêm yết tại Trung tâm Giao dịch Chứng khoán TP. Hồ Chí Minh (nay là Sở Giao dịch Chứng khoán Tp. Hồ Chí Minh). Tháng 5/2007, Công ty đã phát hành thêm 4 triệu cổ phiếu thưởng để nâng vốn điều lệ của Công ty lên thành 100 tỷ đồng. Đại hội đồng cổ đông tháng 4/2010 cho năm tài chính 2009 đã chấp thuận cho công ty phát hành cổ phiếu thưởng cho cổ đông hiện hữu và cán bộ nhân viên, nâng vốn điều lệ lên thành 150 tỷ đồng trong Quý III/2010.