Tháng 5/2010, Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt quy hoạch hệ thống KBTB Việt Nam đến năm 2020 với danh mục 16 khu bảo tồn biển theo Quyết định số 742/QĐ-TTg.
Đến nay, theo báo cáo của Vụ Bảo tồn và Phát triển nguồn lợi thủy sản Việt Nam (Tổng cục Thuỷ sản), cả nước đã thành lập và đưa vào hoạt động được 11 mạng lưới khu bảo tồn biển trong tổng số 16 khu bảo tồn biển tại Việt Nam gồm: Cát Bà, Bạch Long Vỹ (thành phố Hải Phòng), Cồn Cỏ (Quảng Trị), Cù Lao Chàm (Quảng Nam), Lý Sơn (Quảng Ngãi), vịnh Nha Trang (Khánh Hoà), Núi Chúa (Ninh Thuận), Hòn Cau (Bình Thuận), Côn Đảo (Bà Rịa – Vũng Tàu), Phú Quốc (Kiên Giang), Cô Tô - Đảo Trần (Quảng Ninh). Hiện còn 4 khu chưa có hồ sơ phê duyệt là Hòn Mê (Thanh Hoá), Sơn Chà - Hải Vân (Đà Nẵng - Thừa Thiên Huế), Phú Quý (Bình Thuận), Nam Yết (Khánh Hoà). Ngoài ra có 15 khu vực tiềm năng đáp ứng các tiêu chí thành lập khu bảo tồn biển.
Tổng diện tích vùng biển đã được bảo tồn đạt 174.748,85 ha diện tích biển được bảo tồn và quản lý, chiếm khoảng 0,175% vùng biển tự nhiên Việt Nam, chưa đạt mục tiêu 0,24% theo Quyết định số 742/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
Nghị quyết số 36-NQ/TW ngày 22/10/2018 của BCH Trung ương Đảng về Chiến lược phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045, xác định, phải bảo tồn, phát triển và quản lý các khu bảo tồn biển để bảo đảm cân bằng sinh thái, đa dạng sinh học, phát triển kinh tế biển...
Các hệ sinh thái biển, ven biển đóng vai trò quan trọng trong việc duy trì đa dạng sinh học, cung cấp nguồn lợi hải sản, điều hòa thời tiết khí hậu và là “cơ sở hạ tầng” tự nhiên chống đỡ thiên tai và biến đổi khí hậu. Đặc biệt, các hệ sinh thái này đã tạo tiềm năng bảo tồn thiên nhiên biển rất lớn và cung cấp dịch vụ quan trọng để phát triển các ngành, nghề kinh tế biển theo hướng bền vững như nghề cá, nuôi trồng, du lịch biển…
Theo đánh giá của Bộ Nông nghiệp và Nông thôn, khu bảo tồn biển giữ vai trò hết sức quan trọng trong việc duy trì, bảo tồn đa dạng sinh học biển, bảo tồn các hệ sinh thái biển; bảo vệ cảnh quan thiên nhiên, nét đẹp tự nhiên của biển; bảo tồn các loài thủy sản có giá trị khoa học, kinh tế; bảo vệ các dải đất ven biển, ven đảo chống xói lở bờ biển, từ đó góp phần quan trọng trong ứng phó biến đổi khí hậu, giảm nhẹ rủi ro do thiên tai đối với vùng ven bờ, ven đảo.
Đặc biệt, khu bảo tồn biển có tác dụng làm hài hòa giữa phát triển kinh tế-xã hội với bảo vệ môi trường biển, tạo ra không gian xanh cho ngành du lịch biển và một số ngành kinh tế khác phát triển, đóng góp chung vào mục tiêu phát triển bền vững ngành kinh tế biển như mục tiêu mà Đảng và Nhà nước đã đề ra.
Tuy nhiên, theo Vụ Bảo tồn và Phát triển nguồn lợi thủy sản Việt Nam, hiện các khu bảo tồn biển đang đối diện với tình hình biến đổi khí hậu, nhiệt độ nước biển tăng, axít hóa đại dương, lũ lụt, bão tố, gia tăng các loài địch hại... làm suy giảm hệ sinh thái, môi trường vùng biển. Bên cạnh đó, việc ô nhiễm môi trường từ khai thác hải sản, nuôi trồng thủy sản, sinh hoạt, sản xuất nông nghiệp… gây áp lực lớn đối với các khu bảo tồn biển. Ngoài ra, các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội, nhất là hoạt động cảng biển, rác thải nhựa, phát triển du lịch nếu không được kiểm soát tốt sẽ tác động, ảnh hưởng đến môi trường, hệ sinh thái và nguồn lợi thủy sản.
Chính vì thế, công tác quản lý hiệu quả mạng lưới các khu bảo tồn biển là một phần không thể tách rời khi đầu tư vào kinh tế biển xanh. Và việc mở rộng diện tích các khu bảo tồn trở thành nội dung quan trọng trong việc phát triển kinh tế biển. Trong đó, công tác quản lý các khu bảo tồn biển được xem là một trong những biện pháp hiệu quả để duy trì, quản lý nguồn lợi thủy sản, bảo vệ đa dạng sinh học biển, bảo đảm nhu cầu sinh kế của ngư dân.
Ở Nha Trang (Khánh Hoà), thời gian qua, một hệ thống khu bảo tồn biển đã được xây dựng, sau nhiều năm giúp bảo vệ hệ sinh thái đa dạng sinh học bậc nhất Việt Nam, với hơn 440 loài động vật không xương sống, trong đó có nhiều loài mới được phát hiện ở Việt Nam 350 loài san hô, 300 loài cá.
Một trong số đó là khu bảo tồn biển Hòn Mun, nơi không chỉ có cảnh quan tươi đẹp mà còn có sự đa dạng sinh học bậc nhất của vịnh Nha Trang, giờ đây được xem là khu bảo tồn biển có tầm vóc quốc tế.
Những năm gần đây, do tác động của con người và thiên tai, môi trường của khu vực biển Hòn Mun nói riêng và vịnh Nha Trang đã bị ô nhiễm, sự đa dạng sinh học nói chung và hệ sinh thái rạn san hô nói riêng bị suy giảm mạnh, san hô bị gãy nát, bị sóng đánh tấp thành lơp dày, đáy biển xơ xác nghiêm trọng….
Trước tình hình này, cuối năm 2022, UBND tỉnh Khánh Hòa đã phê duyệt Kế hoạch phục hồi và phát huy giá trị bền vững vịnh Nha Trang với 16 giải pháp vừa có tính cấp thiết vừa có tính lâu dài với mục tiêu phục hồi được các hệ sinh thái rạn san hô đã bị suy thoái; huy động các cá nhân, tổ chức cùng tham gia bảo vệ và bảo tồn rạn san hô trong vịnh gắn với phát triển sinh kế bền vững và các hoạt động kinh tế thân thiện với môi trường...
Sau hơn 1 năm triển khai, đến nay các san hô ở khu bảo tồn biển Hòn Mun đang có dấu hiệu phục hồi tốt, độ phủ san hô sống chiếm khoảng 74,5%.
Còn tại khu bảo tồn biển Hòn Cau thuộc vùng biển huyện Tuy Phong, tỉnh Bình Thuận, là một trong 16 khu bảo tồn biển theo quy hoạch của Việt Nam. Đây là khu bảo tồn biển được đánh giá cao về đa dạng sinh học với các rạn san hô có độ bao phủ cao, nhiều loài đặc hữu. Việc bảo tồn và phát huy lợi thế tài nguyên trong thời gian qua đã và đang được tỉnh Bình Thuận chú trọng triển khai, bước đầu đạt được một số kết quả tích cực, góp phần bảo tồn đa dạng sinh học, bảo vệ hệ sinh thái biển và nguồn lợi thủy sản trong khu bảo tồn biển, tạo sinh kế bền vững cho cộng đồng ngư dân địa phương và thúc đẩy phát triển du lịch sinh thái.