Trong điều lệ trường ĐH vừa được Thủ tướng Chính phủ ban hành có một điểm mới quan trọng về hoạt động của trường đại học không vì lợi nhuận.
Điều lệ đã dành mục 4 với 7 điều để quy định một cách cụ thể về cơ cấu tổ chức, cách thức hoạt động cũng như hồ sơ, thủ tục thành lập và công nhận trường ĐH tư thục hoạt động không vì lợi nhuận.
Theo đó, trường ĐH tư thục hoạt động không vì lợi nhuận không tổ chức đại hội đồng cổ đông.
Các trường ĐH tư thục hoạt động không vì lợi nhuận và các trường ĐH có vốn đầu tư nước ngoài hoạt động không vì lợi nhuận được hưởng các chính sách hỗ trợ hoạt động đào tạo, phát triển đội ngũ giảng viên, được ưu đãi thuế, miễn thuế và giảm thuế theo quy định của pháp luật thuế, được ưu tiên tiếp nhận các dự án đầu tư, đặt hàng để thực hiện nhiệm vụ đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ đối với những lĩnh vực mà trường có thế mạnh.
Hội đồng quản trị của trường ĐH tư thục hoạt động không vì lợi nhuận là tổ chức quản trị, đại diện quyền sở hữu chung của cộng đồng nhà trường, là cơ quan quyền lực cao nhất của nhà trường.
Các thành viên góp vốn đầu tư xây dựng trường được chia lợi tức hàng năm theo tỉ lệ vốn góp trong vốn điều lệ, với mức quy định (nếu có) tại quy chế tổ chức và hoạt động của trường nhưng không vượt quá lãi suất trái phiếu Chính phủ trong cùng thời kỳ.
Hàng năm, nhà trường tổ chức họp đại hội toàn trường để bầu, miễn nhiệm trưởng ban kiểm soát và thành viên ban kiểm soát, đồng thời góp ý cho chiến lược về đào tạo, nghiên cứu khoa học và phát triển cơ sở vật chất của nhà trường do hội đồng quản trị đề xuất, góp ý cho các quy chế tổ chức và hoạt động của nhà trường, quy chế tài chính nội bộ của trường.
Đối với trường đại học tư thục chuyển sáng hoạt động không vì lợi nhuận phải được sự đồng ý của đại diện tối thiểu 75% tổng số vốn góp của các thành viên góp vốn, trừ khi quy chế tổ chức và hoạt động của trường có quy định tỉ lệ này cao hơn.