Theo giám sát của phòng Bảo tồn biển đất ngập nước, Vườn quốc gia Vịnh Bái Tử Long (Quảng Ninh), độ phủ san hô cứng tại hòn Thiên Môn và hòn Vành trung bình chỉ 37.19%. San hô tại hòn Thiên Môn tỉ lệ đá 40,63%, cao hơn hòn Vành con (28,75%), bùn chỉ ghi nhận tại địa điểm hòn Vành con chiếm tỉ lệ rất nhỏ (1,88%). Thành phần loài đều rất nghèo, mật độ cá rạn san hô trung bình tại 02 điểm đạt 4,63 cá thể/100m2, cao nhất tại Thiên Môn với 6,5 cá thể/100m2.
Ngoài ra, chỉ tiêu giám sát thành phần loài động vật đáy tại các rạn đều nghèo, mật độ trung bình 6,25 cá thể/500m. Các loài động vật không xương sống tại các rạn hầu như các loài phân bố tại đây đều là nhóm ít có giá trị kinh tế, hoặc không có giá trị kinh tế.
Nguyên nhân do tình trạng khai thác thủy sản chưa hợp lý, hoạt động của tàu bè, biến đổi khí hậu. Sự suy thoái của rạn san hô ảnh hưởng đến giá trị đa dạng sinh học, cảnh quan cũng như nguồn lợi hải sản trên các vùng biển. Nhiều năm trở lại đây, Vườn quốc gia Bái Tử Long đã phối hợp với các đơn vị trong tỉnh triển khai nhiều giải pháp để bảo vệ các hệ sinh thái biển nói chung, gìn giữ các hệ sinh thái rạn san hô nói riêng.
Ban quản lý Vườn quốc gia thường xuyên tuần tra, kiểm soát, ngăn chặn triệt để các hành vi khai thác nguồn lợi thủy sản trái phép trong phân khu chức năng bảo tồn biển. Tuyên truyền cho người dân về quản lý khai thác thủy sản, không khai thác theo tính hủy diệt (sử dụng mìn, lưới điện...), không khai thác tại các khu vực cấm..
Ngoài ra, Ban quản lý cũng nâng cao năng lực bảo tồn thiên nhiên, xây dựng các cơ sở dữ liệu, lập các chương trình, kế hoạch bảo tồn các loại động vật đặc hữu, quý, hiếm. Đẩy mạnh tuyên truyền quảng bá du lịch: theo hướng “du lịch có trách nhiệm” với nhiều loại hình tuyên truyền, nâng cao ý thức cộng đồng, các nhà đầu tư và khách du lịch về việc phát triển kinh tế gắn với bảo vệ môi trường bền vững.
Cũng theo Đề án phê duyệt tổng thể về quản lý và phát triển sản phẩm du lịch biển đảo tại Vịnh Hạ Long, Bái Tử Long, Vân Đồn – Cô Tô của tỉnh Quảng Ninh, tỉnh đã đưa ra các giải pháp phát triển du lịch biển song song với bảo vệ tài nguyên, môi trường du lịch và ứng phó với biến đổi khí hậu và mực nước biển dâng. Tuyên truyền, giáo dục, nâng cao nhận thức đến cộng đồng, các doanh nghiệp và khách du lịch về bảo vệ tài nguyên.
Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra việc chấp hành các quy định về bảo vệ môi trường trên các tàu du lịch ở vịnh Bái Tử Long, tại các cơ sở lưu trú du lịch, tại các khu điểm du lịch trên cơ sở không làm ảnh hưởng đến các hệ sinh thái và tài nguyên rừng, biển, góp phần tích cực vào nỗ lực giảm nhẹ tác động của biến đổi khí hậu và mực nước biển dâng đến du lịch.
Ngoài ra, Vườn quốc gia Bái Tử Long (Quảng Ninh) thực hiện quản lý bảo vệ tài nguyên thiên nhiên, cảnh quan và môi trường nhằm phát triển bền vững các nguồn tài nguyên sinh vật tài nguyên đất, tài nguyên nước và các tài nguyên thiên nhiên khác. Hằng năm, Vườn quốc gia Bái Tử Long còn thực hiện ngăn chặn phòng cháy rừng, sâu bệnh hại rừng và các hành vi ảnh hưởng tới cảnh quan môi trường gây thiệt hại đến Vườn quốc gia.
Vườn quốc gia Bái Tử Long đã có nhiều chương trình triển khai bảo tồn, khôi phục và phát triển các hệ sinh thái rừng, biển, bảo tồn tính đa dạng sinh học. Gắn phát triển du lịch với bảo tồn và phát huy cảnh quan thiên nhiên, các di tích lịch sử, văn hóa.